Bij het Blaise Pascal Instituut wordt interdisciplinair onderzoek gedaan op het gebied van  levensbeschouwing en wetenschap. De stafmedewerkers geven daaraan ieder op een eigen wijze invulling, vanuit hun specifieke  expertise en rekening houdend met hun eigen aandachtsgebied. 

Er zijn vier aandachtsgebieden:

1. Ethiek en levensbeschouwing - Bert Musschenga Musschenga's huidige onderzoek richt zich op twee thema's: integriteit en  identiteit (in het verlengde van het boek dat hij in 2004 over dat thema publiceerde) en empirisch geïnformeerde ethiek. Hij participeert in twee onderzoeksprogramma's  uit de VU-ster: 'Multiculturaliteit en religieus pluralisme' en 'Idealen van mens en organisatie in  opvoeding en onderwijs' 

2. Sociale wetenschappen en levensbeschouwing - Anton van Harskamp De algemene inzet van het onderzoek dat Van Harskamp verricht is reflectie op de plaats van religie in  moderne samenlevingen. Thema's die aan de orde komen zijn de  secularisering in Nederland, fundamentalisme, het kwaad, kerkelijkheid en sociaal kapitaal. Ook onderzoekt Van Harskamp de verhouding tussen civil society en religie en tussen  civil society en islam

3. Natuurwetenschappen en levensbeschouwing - Jan Boersema Het onderzoek van Boersema heeft als werktitel 'How Green is Progress'. Centraal hierbij staat de vraag  naar de rol van levensbeschouwing in het streven naar een meer duurzame relatie met het natuurlijk milieu. Aan  de ene kant wordt er gekeken naar cultuurhistorische  onderwerpen, als de lineaire tijdsopvatting en het vooruitgangsdenken  in de westerse cultuur, anderzijds zijn er casestudies naar Paaseiland en naar diersoorten in de  Noord-Amerikaanse fauna.

4. Humaniora en levensbeschouwing - Bettine Siertsema Op 7 november 2007 promoveerde Siertsema op een onderzoek naar de levensbeschouwelijke aspecten  van Nederlandse egodocumenten over de nazi-concentratiekampen. Na deze datum houdt zij zich bezig met verdieping van dit onderzoek. Samen met Gert Landman verricht zij bovendien onderzoek naar  liturgievernieuwing (via onder andere het project 'Leerhuis & Viering').

5. AIO levenbeschouwing en sociale wetenschappen - Johan Roeland Roeland doet onderzoek naar de rol die evangelicale reliogiositeit speelt in de identiteitsvorming van evangelicale jongeren in Nederland.

De verbindende factor in het onderzoek van het BPI is de invalshoek godsdienst/levensbeschouwing. De  verankering van de medewerkers in de verschillende faculteiten maakt het  noodzakelijk om de cohesie te bewaken. Dit gebeurt in een gezamenlijk project met als thema:  levensbeschouwelijke doordenking van fundamentele karakteristieken van  de condition humane, over grenzen die we enerzijds moeten aanvaarden en anderzijds  niet willen en niet kunnen (en misschien ook niet àltijd moeten) aanvaarden,  zoals onvolmaaktheid, eindigheid, feilbaarheid, kwetsbaarheid.