Bij het Blaise Pascal Instituut is Boersema senior medewerker op het terrein van Science and Religion. Als zodanig is hij secretaris van de studiegroep Theologie en Natuurwetenschap die al ruim twee decennia bestaat. Zijn eigen onderzoek betreft met name de historische en actuele relatie tussen duurzaamheid en levensbeschouwing. Centraal staat daarbij de vraag welke concepten in onze op groei en vooruitgang gerichte westerse cultuur de (on)duurzame relatie met het natuurlijk milieu vorm bepalen. Naast de dominante stromingen wordt aandacht besteed worden aan dissidente groepen, onderstromen in verleden en heden die, levensbeschouwelijk gemotiveerd, tot een andere relatie met het natuurlijk komen. Met dit laatste onderwerp is Martine Vonk als AIO in 2002 begonnen. Intrigerende groepen in dit verband zijn de Amish–Mennonieten, de Franciscanen, de Kibboetsen, Biologisch Dynamische en New Age Leefgemeenschappen.

Jan Boersema vervult meerdere functies op milieukundig gebied. Zo is hij eindredacteur van het Basisboek Milieukunde waarvan de eerste druk in 1984 verscheen en de vijfde in 1992. Samen met Lucas Reijnders voert hij de eindredactie van een nieuw internationaal milieukundig textboek Principles of Environmental Sciences.

Jan Boersema is bestuurslid van de Vereniging voor Milieuprofessionals VVM en Editor in Chief van de in 2002 opgerichte opvolger van Milieu: Environmental Sciences, Journal of Integrative Environmental Research(ES). Binnen het Instituut voor Milieuvraagstukken (IVM) maakt hij deel uit van de sectie Environmental Policy Analysis (EPA) en is hij van de programmacommissie voor de master opleiding Environment and Resource Management.

Bij het ministerie van VROM werkte hij, als lid van de denktank Forum, sinds najaar 2000 aan het project Cultuur, levensbeschouwing en het VROM beleid. Dit project is eind 2002 afgesloten.