Het aandachtsgebied van Bert Musschenga binnen het Blaise Pascal Instituut is ‘Ethiek en levensbeschouwing’ dat als volgt omschreven kan worden: Ethische vragen kunnen binnen alle disciplines aangetroffen worden. Inzichten vanuit vakwetenschappen kunnen het beeld van de mens als vrij en verantwoordelijk wezen dat zich bekommert om het wel en wee van zijn medemens, ter discussie stellen. Men denke bijvoorbeeld aan ontwikkelingen binnen de neurowetenschappen en aan de sociobiologie. Daarnaast kunnen in allerlei disciplines inzichten gewonnen worden en vindingen worden gedaan die bij toepassing tot onwenselijke of zelfs ontoelaatbare ontwikkelingen kunnen leiden. Verder kan de ontwikkeling van de samenleving in het huidige tijdsgewricht van laat-moderniteit ingrijpende gevolgen hebben voor de aard, de inhoud en de stabiliteit van het morele verband tussen mensen in een samenleving. Een ethicus kan zich daarom niet beperken tot reflectie op vraagstukken en ontwikkelingen in wetenschap en samenleving. Hij moet zich ook interdisciplinair verdiepen in de maatschappelijke en culturele context waarbinnen mensen tot een zelfervaring als morele wezens moeten komen en waarbinnen dat morele verband voor samenhang moet zorgen.

Alhoewel ethiek en levensbeschouwing vaak in een adem genoemd worden, is het voor de helderheid zinvol ze van elkaar te onderscheiden. Levensbeschouwelijke vragen zijn vragen over zin en bestemming van de mens en over goed en waardevol leven. Ethische vragen hebben vooral betrekking op kwesties van sociale orde en sociale samenhang en van rechtvaardigheid in de toegang tot en de verdeling van goederen en posities. Alhoewel iemands levensbeschouwing altijd diens ethiek beïnvloedt, is er geen sprake van een lineaire verbinding tussen levensbeschouwelijke en ethische opvattingen: een set van levensbeschouwelijke opvattingen blijkt met verschillende sets van ethische opvattingen te kunnen samengaan; ook het omgekeerde is trouwens het geval. 

Bert Musschenga’s dissertatie was een meta-ethische en antropologische studie naar de grondslagen en de universaliteit van sociale moraal. Het thema van de universaliteit versus de traditiegebondenheid van moraal heeft hij daarna in tal van publicaties uitgediept. Die interesse bracht hem er ook toe na te denken over de morele basis van het Nederlandse minderhedenbeleid. Tot 2000 heeft hij zich daarnaast vooral beziggehouden met de (gronden voor en grenzen aan) liberale politieke moraal als een modern-westerse, contingente, die wel een waarheidclaimende morele traditie is. Vanuit die aanname heeft hij de relatie tussen de liberale moraal en meer omvattende concepties van het goede beschreven, in het bijzonder die van de christelijke traditie. Zijn belangrijkste publicatie op het terrein van de medische ethiek Kwaliteit van leven: criterium voor medisch handelen? (1987) gaat over de vraag naar de betekenis en het gebruik van de term ‘kwaliteit van leven’.

In de afgelopen jaren heeft hij zich vooral bezig gehouden met (persoonlijke, professionele en morele) integriteit. Vrucht daarvan is het boek  Integriteit. Eenheid en heelheid van de persoon dat begin 2004 bij uitgeverij Lemma verscheen. Het boek handelt over vragen als: Wat bedoelen we als we het over integriteit hebben? (Wat zijn functie en betekenis van het begrip?) Waarom is het spreken over integriteit zo populair in onze (laat-)moderne samenleving? Wat zijn de psychologische condities voor integriteit? (Wat is verhouding tussen een integer persoon en een geïntegreerde persoonlijkheid) Wat is persoonlijke integriteit? Verschilt dat van morele integriteit? Veronderstelt professionele integriteit morele integriteit?

Musschenga's onderzoeksthema voor de komende jaren is ‘empirisch geïnformeerde ethiek’. Doelstelling daarvan is na te gaan of ethische theorieën bijgesteld moeten worden als ze getoetst worden aan inzichten in de empirische wetenschappen. Iedere normatief-ethische theorie kent aannames van empirische aard die vaak niet gerechtvaardigd zijn, maar in principe wel empirisch getoetst zouden kunnen worden. Daarnaast loopt men in de praktische ethiek – onverschillig binnen het kader van welke normatief-ethische theorie men ethiek beoefent – ­aan tegen het probleem van de uitvoerbaarheid (‘feasibility’) van ethische voorschriften – in het algemeen of in bepaalde contexten. Tenslotte zijn in meta-ethisch opzicht contextualistische theorieën aangewezen op empirische wetenschappen omdat ze de opvattingen en ervaringen van mensen als vindplaats van moraal beschouwen.

Tot slot, Musschenga heeft reeds enkele artikelen geschreven waarin hij de relatie tussen empirie en ethiek in meer algemene zin verkend en in kaart gebracht heeft. Een mogelijk subthema, naast het algemene thema van de empirische adequaatheid van ethische theorieën, is wat de mens tot een moreel mens maakt (dat wil zeggen, constitueert en veroorzaakt).